说明:NAMD最新版本提供charmrun和namd2的预编译文件,相对自己去编译这些软件难度降低不少。
1. 安装NAMD --tar–xvf NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA.tar.gz --NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA为解压后的目录 --vi~/.bashrc --PATH=/opt/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA:/opt/fftw3/bin:/opt/charm-6.4.0/net-linux-x86_64/bin:/opt/NAMD:/opt/vmd:/usr/local/cuda/bin:/opt/intel/bin:/opt/openmpi/bin:/opt/espresso-5.0.1-GPU/bin PATH LD_LIBRARY_PATH=/opt/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA:/usr/local/cuda/lib64:/opt/fftw3/lib:/opt/intel/lib/intel64:/opt/intel/mkl/lib/intel64:/opt/openmpi/lib LD_LIBRARY_PATH --保存退出,然后source ~/.bashrc
2. 安装fftw3 --tar –xvf fftw-3.3.tar.gz --cd fftw-3.3 (fftw-3.3为解压后的目录) --./configure –prefix=/opt/fftw3 --make --make install --vi ~/.bashrc(加入路径) --PATH=/opt/fftw3/bin PATH --source ~/.bashrc
3. 安装openmpi --tar –xvf openmpi-1.4.5.tar.gz --cd openmpi-1.4.5 --./configure –prefix=/opt/openmpi --make --make install --vi ~/.bashrc(add path) --PATH=/opt/openmpi/bin PATH --source ~/.bashrc
完成后最好重新打开终端保证source生效。
没有预编译的文件中charmrun和namd的编译比较复杂,后续会总结出详细文档。希望批评指正!!!
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