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金属的意志 该用户已被删除
发表于 2013-3-15 15:28:53
58003
说明NAMD最新版本提供charmrunnamd2的预编译文件,相对自己去编译这些软件难度降低不少。

1. 安装NAMD
       --tar–xvf NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA.tar.gz
       --NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA为解压后的目录
       --vi~/.bashrc
--PATH=/opt/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA:/opt/fftw3/bin:/opt/charm-6.4.0/net-linux-x86_64/bin:/opt/NAMD:/opt/vmd:/usr/local/cuda/bin:/opt/intel/bin:/opt/openmpi/bin:/opt/espresso-5.0.1-GPU/binPATH
LD_LIBRARY_PATH=/opt/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA:/usr/local/cuda/lib64:/opt/fftw3/lib:/opt/intel/lib/intel64:/opt/intel/mkl/lib/intel64:/opt/openmpi/libLD_LIBRARY_PATH
       --保存退出,然后source ~/.bashrc

2. 安装fftw3
       --tar –xvf fftw-3.3.tar.gz
       --cd fftw-3.3 (fftw-3.3为解压后的目录)
       --./configure –prefix=/opt/fftw3
       --make
       --make install
       --vi ~/.bashrc(加入路径)
       --PATH=/opt/fftw3/binPATH
       --source ~/.bashrc

3. 安装openmpi
       --tar –xvf openmpi-1.4.5.tar.gz
       --cd openmpi-1.4.5
       --./configure –prefix=/opt/openmpi
       --make
       --make install
       --vi ~/.bashrc(add path)
       --PATH=/opt/openmpi/binPATH
       --source ~/.bashrc

完成后最好重新打开终端保证source生效。

没有预编译的文件中charmrunnamd的编译比较复杂,后续会总结出详细文档。希望批评指正!!!

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发表于 2013-3-15 15:59:57
建议LZ在发命令行形式的命令时,使用代码模式,避免一些符号编程标清或者丢失。
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发表于 2013-3-15 17:19:55
感谢发贴,为何防止在一般讨论中淹没。我将贵贴移动到了“资源区”。
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发表于 2013-3-16 11:11:55
谢谢,因为我没有权限在这里发帖。
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